Der Tunnel wird dringend saniert, da Wasser durch das Mauerwerk dringt und Probleme verursacht. Besonders die Eisbildung am nördlichen Portal in Böckstein beeinträchtigt den Bahnbetrieb und erfordert kostspielige Maßnahmen zur Entfernung von Eiszapfen. Nur die wasserbelasteten Bereiche der Tunnelinnenschale werden erneuert, während 89 % des Gewölbes unberührt bleiben, da dort weiterhin Trockenheit erwartet wird.
Im Tunnel wurde der gatschige Untergrund freigelegt, indem die ersten 600 Meter Gleise entfernt wurden, um Platz für radgebundene Maschinen zu schaffen, erklärt Baumanager Gerald Winkler. Eine ohrenbetäubende Mehrblattsäge fräst Rillen in die Tunnelwand, aus denen 15 bis 30 Zentimeter des Mauerwerks abgetragen werden. Dabei mussten aufwendige Vorarbeiten erfolgen, da in den Wänden Metallanker stecken, die die Sägen beschädigen könnten. Bislang traten jedoch keine Probleme auf. Das Wetter spielt ebenfalls eine entscheidende Rolle für den Baufortschritt, insbesondere wegen der Lawinengefahr an den Portalen in Böckstein und Mallnitz.
2027 wird der Tunnel für fünf Monate erneut gesperrt, um den Südabschnitt bei Mallnitz zu sanieren. Dabei wird das denkmalgeschützte Südportal fachgerecht restauriert. Trotz der engen Platzverhältnisse und des intensiven Maschineneinsatzes verläuft die aktuelle Bauphase planmäßig.